The Hidden Though Flourishing Justification of Intellectual Property Laws: Distributive Justice, National Versus International Approaches

Bu çalışmada, Gökkuşağı alabalıklarında enfeksiyonoluşturan Ichthyophthirius multifiliis’infarklı bölgelerden izole edilmiş saha suşlarının genotipik yapıları temelindeimmundominant özellik gösteren rekombinant immobilizan antijenlerini(i-antijen) kodlayan genlerin bakteriyel ekspresyon sistemine klonlanarakeksprese ve karakterize edilmeleri, antijenik profillerinin ortaya çıkarılmasıve aşı adayı olabilecek rekombinant antijenlerin elde edilmesi amaçlanmıştır.&nbsp;Çalışmada 2018 ve 2019 yıllarının Temmuz ve Ağustos ayları arasında Gökkuşağıalabalığı yetiştiriciliğinin yoğun yapıldığı Samsun, Rize, Kayseri, Elazığ,Burdur, Antalya ve Muğla illerinde bulunan işletmeler ziyaret edilerek balıkpopülasyonları üzerinde saha araştırmaları yürütülmüş ve I. multifiliis ile enfekte bulunan balıklardan ilgili protokolleregöre izolasyon gerçekleştirilmiştir. Laboratuvara uygun solüsyonlar ve soğukzincir altında intikal ettirilen örneklerden cDNA ve gDNA izolasyonlarıgerçekleştirilmiştir. I. multifiliis i-antijengen lokusunun amplifikasyonu amacıyla optimum primer dizaynı için ön çalışmalaryürütülmüş ve hedef gen bölgeleri uygun amplifikasyon koşullarında PCR’daçoğaltılmıştır. Elde edilen amplikonlar agaroz jel üzerinden saflaştırılmıştır.Multiple gen lokusu sekanslarının belirlenebilmesi amacıyla ilgili pürifiyeamplikonlar pJET 1.2 plazmit vektörüne CloneJET PCR cloning kit (Thermo FisherScientific) kullanılarak klonlanmış ve katı besi yerinde belirlenenkolonilerden rekombinant plazmid DNA izolasyonları gerçekleştirilmiştir. Rekombinantplazmidler spesifik primerlerle çift yönlü olarak sekanslanmış vekromotogramlar De Novo Assemble üzerinden işlenerek hedef insert sekanslarvektör plazmid DNA’sı içerisinden çıkarılmış ve konsensüs sekanslar eldeedilmiştir. İlgili primerlerin i-antijen gen lokusu içerisinde çoğalttığı fragmentlerinbelirlenebilmesi amacıyla PCR ürünleri ayrıca yeni nesil dizileme teknolojisi (NGS)kullanılarak işlenmiş ve elde edilen dizilimlerin gen veri tabanlarındakimevcut tüm i-antijen gen lokusları ile filogenetik ilişkileri araştırılmıştır.Tüm bu araştırmalar sonucu karakterize edilen i-antijen genlerinin ekspreseettiği proteinlerin rekombinant olarak eldesi için çalışmalargerçekleştirilmiştir. Aşı adayı potansiyeli olabilecek bazı lokusların bakteriyelekspresyon sistemine aktarımı için kodon optimizasyonları yapılarak pET-32a(+)ekspresyon plazmid DNA’sına (Novagen) klonlanması gerçekleştirilmiştir. Eldeedilen rekombinant plazmitler E. colikompotent BL21(DE3) hücrelerine transforme edilerek optimum koşullardaekspresyon çalışmaları yürütülmüş ve ekspresyon etkinliği SDS-PAGE ve WesternBlot analizleri ile belirlenmiştir. Eksprese edilen rekombinant i-antijenproteinleri afinite kromotografi kulanılarak saflaştırılmış ve immunreaktiflikleri Western Blot analizleri ile tespit edilmiştir.&nbsp;Çalışmada,Elazığ, Rize ve Muğla illerinde ziyaret edilen işletmelerdeki Gökkuşağıalabalıklarında deri ve solungaçlarından hazırlanan preparatların mikroskobikincelemeleri ile I. multifiliisenfeksiyonunun yaygın olduğu görülmüştür. İlgili bölgelerden elde edilen I. multifiliis suşlarına ait cDNA vegDNA izolatlarının i-antijen gen lokusunun dizayn edilen pirmerlerle PCR’daamplifiye edilmesi sonucu 1200-1300 bp büyüklüğünde amplikonlar saptanmıştır.Pürifiye amplikonların klonlanması sonucu ilgili izolatlara ait açık okumaçerçevesi (ORF) sekanslarının analizinde birbirleriyle %38,3-58,8 arasındafarklılık gösteren 4 farklı i-antijen izoformu tespit edilmiştir. Bu izoformlararasında bir antijenik lokusun (ImulTR1-iant) her üç ildeki alabalıkpopülasyonlarından izole edilen I.multifiliis suşlarında da var olduğu NGS analizlerinde görülmüştür.ImulTR1-iant ORF sekansı ayrıca Amerika Birleşik Devletleri’nde alabalıklardanizole edilmiş bir i-antijen izoformuyla %83,3 identiklik gösterirken, diğertespit edilen izoformlara ait sekansların GenBank veri tabanında mevcuti-antijen sekanslarından oldukça farklı olduğu belirlenmiştir. Araştırmadarekaombinant i-antijen eldesi için yaygın belirlenen ImulTR1-iant izolatıüzerinden analizler yürütülmüştür. Bu izoformu kodlayan gen bölgesinin 1263bpbüyüklüğünde olduğu ve ORF’nin 420 amino asitten teşekkül ettiğibelirlenmiştir. ORF amino asit sekanslarının in-slico analizlerde 42,552 kDabüyüklüğünde bir proteini eksprese ettiği, bu proteinin sitoplazmik olduğu vetransmembran bölge içermediği tespit edilmiştir. Ayrıca ilgili ORF sekansıiçerisinde uzunluğu 7-22aa arasında değişen 21 antijenik bölge olduğubelirlenmiştir. Kodon optimizasyonu yapılmış olan ImulTR1-iant izoformuna ait pET-32a(+)rekombinant plazmitinin E. colikompotent BL21(DE3) hücrelerine transformasyonu ve ekspresyonu sonrasındayapılan SDS-PAGE analizlerinde in-silico analiz sonuçlarına paralel olarakyaklaşık 43kDa’luk protein jel üzerinde görüntülenmiştir. İlgili rekombinantprotein afinite kromotografide HisTrap FF crude (GE Healthcare) kolonlarıkullanılarak saflaştırılmış ve pürifiye rekombinant antijenin immun-reaktifliğiWestern-Blot analizleriyle gösterilmiştir.&nbsp;ErciyesÜniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından TOA-2017-7742 kodnumarasıyla desteklenen bu çalışma ile Türkiye’de gökkuşağı alabalıklarındasorun oluşturan ve ekonomik kayıplara yol açan I. multifiliis suşlarına karşı biyoteknolojik aşı geliştirilmesinoktasında aşı adayı olabilecek immobilizan antijenler üzerine özgün veriler sağlanmıştır.Elde edilen aşı adayı rekombinant antijenlerin etkinliğini ortaya koymanoktasında laboratuvar ve saha şartlarında immunizasyon ve çelınç enfeksiyondenemeleri için yeni proje çalışmaları planlanmaktadır.</style

Whole mitochondrial genome sequence and phylogenetic relationships of Williams's jerboa (Scarturus williamsi) from Turkey

Williams's jerboa (Scarturus williamsi), a medium-sized jerboa distributed in Anatolia and its adjacent regions, is a member of the four- and five-toed jerboas found mostly in Asia. Disagreements about the taxonomy of this taxon at the genus/ species level continue to exist. Here, we report the first effort to sequence and assemble the mitochondrial genome of Williams's jerboa from Turkey. The mitochondrial genome of S. williamsi was 16,653 bp in total length and contained 13 protein-coding genes (PCGs), 22 transfer RNAs (tRNAs), two ribosomal RNAs (rRNAs), and two non-coding regions (the D-loop and O-L region) with intergenic spacer. All of the genes, except ND6 and eight tRNAs, were encoded on the heavy chain strand, similar to the features of mitogenomes of other rodents. When compared with all available rodent mitochondrial genomes, Williams's jerboa showed (1) a serine deletion at the 3'-end of the ATP8 gene, (2) the ND5 gene terminated with a TAG codon and (3) a tandem repeat cluster (273 bp in length) in the control region. Williams's jerboa and Siberian jerboa grouped as sister taxa despite the high genetic distance (17.6%) between them, belonging to Allactaginae. This result is consistent with the latest pre-revision, which suggests that Williams's jerboa and the Siberian jerboa may belong to separate genera, as Scarturus and Orientallactaga, respectively. The present study provides a reference mitochondrial genome for Williams's jerboa for further molecular studies of other species of Dipodoidea and Rodentia

Partial Mitogenome Sequence of the Indian Crested Porcupine (Hystrix indica) in Turkey, with the Phylogeny of the Subgenus Hystrix

Mitogenomic data can provide valuable information that can be used to elucidate and reveal the evolutionary history and phylogenetic relationships. Recently, mitogenomes generated using high-throughput sequencing technologies have become more applicable in association with advanced analytical tools. In this study, to provide mitogenomic data for the Indian crested porcupine and to disclose the intraspecific and interspecific relationships within the subgenusHystrix, partial mitogenome (7.525 bp) of one sample from Turkey that included coding and noncoding regions was initially sequenced using the Illumina MiSeq platform. The structure of the obtained partial mitogenome was similar to those of the other mammals. The partial mitogenome sequence of the Turkish sample was used for phylogenetic analyses together with published mitochondrial sequences of the species within the subgenusHystrixregistered in GenBank. Two mitochondrial regions (CytBand D-loop available in GenBank) were analyzed using the Bayesian, Maximum Likelihood, and Neighbor-Joining methods. Phylogenetic analyses revealed three major phylogroups (Hystrix cristata,H. indica, andH. africaeaustralis) within the subgenusHystrix. This partial mitogenome sequence was the first data for the Turkish porcupine belonging to the speciesH. indica. As genetic data forH. indicaare already limited, the present study would contribute to further phylogenetic studies that would be performed using mitogenomic data of the Indian crested porcupine and other porcupines

Türkiye Anadolu Eşeği (Equus asinus)’nin Mitogenom Karakterizasyonu ve Filogenetik İlişkileri

Bu çalışmanın amacı, Türkiye Anadolu eşeği&nbsp;(Equus asinus)’nin&nbsp;ilk mitogenom karakterizasyonunu yapmak ve filogenetik ilişkilerinin ortaya çıkarılmasına katkı sağlamaktır. Anadolu eşeğine ait bir örneğin komple mitokondriyal genomu,&nbsp;Long-Range PCR ve Yeni Nesil Dizileme tekniği ile&nbsp;karakterize edilmiş ve Bayesian, Maksimum Likelihood ve Neighbor-Joining metotlarıyla filogenetik analizler yapılmıştır. Komple mitogenom, 13 protein kodlayan gen, 22 taşıyıcı RNA, 2 ribozomal RNA ve bir kodlama yapmayan kontrol bölgesi (D-loop) içeren, 16.551 baz çifti uzunluğunda tipik dairesel DNA moleküldür. Mitogenomun ortalama nükleotid kompozisyonu, memeli mitogenomları aralığında olup; adenin için&nbsp;% 32.32, timin için % 25.78, sitozin için % 28.67, guanin için % 13.23’tür; adenin+timin içeriği (% 58.10), guanin+sitozin içeriğinden (% 41.90) daha fazladır. Toplam 14 taşıyıcı RNA, 12 protein kodlayan ve 2 ribozomal RNA geni ağır zincir üzerinde kodlanmakta, 8 taşıyıcı RNA ve bir protein kodlayan gen (ND6) ise hafif zincir üzerinde kodlanmaktadır. Gen yapısı, organizasyonu ve kompozisyonu diğer atgillere benzerdir. Filogenetik analizler, Türkiye Anadolu eşeğinin, Çin evcil eşeklerine Avrupa evcil eşeklerinden daha yakın olduğunu ve Afrika yabani eşeklerinden (Somali yabani eşeği gibi) köken almış olabileceğini göstermiştir. Bu çalışma, Türkiye eşekleri ve diğer atgilleri içeren gelecekteki moleküler çalışmalar için Anadolu eşeğinin referans mitogenom verisini sunmuştur.</p

Phylogenetic Status and Genetic Diversity of the Turkish Marbled Polecat, Vormela peregusna, (Mustelidae: Carnivora: Mammalia) inferred from the Mitochondrial Cytochrome b Gene

Previous genetic studies of marbled polecats did not include samples collected in Turkey. Therefore, the current knowledge is not sufficient to elucidate the phylogenetic relationships among marbled polecat populations. The aim of the present study was to determine the genetic diversity of the Turkish population and to reveal the phylogenetic relationships between the Turkish population and other marbled polecat populations. To accomplish this, we analyzed 17 cytochrome b gene sequences from Turkey and compared these with 10 cytochrome b gene sequences from the GenBank database. To construct the phylogenetic tree, we used the Neighbor-Joining, Maximum Likelihood, Maximum Parsimony and Bayesian methods, and also a median-joining network to assess relationships among haplotypes of the marbled polecat. The performed analyses, except for Bayesian method, yielded three main haplogroups within the marbled polecat. Haplogroup 1 contained haplotypes from Armenia, Azerbaijan, Russia, Turkey (Anatolia), Turkmenistan and Uzbekistan, Haplogroup 2 consisted of haplotypes from Turkey (Thrace), Turkmenistan and an unknown location, and Haplogroup 3 (Turkish Main Haplogroup) contained only the Turkish haplotypes. The present study shows that the Turkish population consists of individuals from all these three distinct phylogroups, and emphasized the importance of data obtained from the Turkish samples to reveal the phylogenetic relations among marbled polecat populations